Court of Justice of the European Communities (including Court of First Instance Decisions)

ARRÊT DU TRIBUNAL (quatrième chambre)

26 septembre 2018 (*)

 FEAGA et Feader – Dépenses exclues du financement – Aides à la surface – Réductions et exclusions en cas de non-respect des règles de la conditionnalité – Règlement (CE) no 73/2009 – Règlement (CE) no 1122/2009 – Règlement (CE) no 885/2006 ‑ Proportionnalité »

Dans l’affaire T‑463/16,

République portugaise, représentée par MM. L. Inez Fernandes, M. Figueiredo, J. Saraiva de Almeida et M^me P. Estêvão, en qualité d’agents,

partie requérante,

contre

Commission européenne, représentée par M. A. Sauka, en qualité d’agent, assisté de M^es M. Marques Mendes et A. Dias Henriques, avocats,

partie défenderesse,

ayant pour objet une demande fondée sur l’article 263 TFUE et tendant à l’annulation dela décision d’exécution (UE) 2016/1059 de la Commission, du 20 juin 2016, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2016, L 173, p. 59), en ce qu’elle concerne la République portugaise,

LE TRIBUNAL (quatrième chambre),

composé de MM. H. Kanninen, président, J. Schwarcz (rapporteur) et C. Iliopoulos, juges,

greffier : M^me M. Marescaux, administrateur,

vu la procédure écrite et à la suite de l’audience du 11 décembre 2017,

rend le présent

Arrêt

 Antécédents du litige

1        Du 15 au 19 octobre 2012, la Commission européenne a procédé à une enquête, portant la référence XC/2011/006/PT, concernant la bonne application, par la République portugaise, de règles relatives à la conditionnalité.

2        Par lettre du 17 janvier 2013, la Commission a communiqué à la République portugaise ses constatations, conformément à l’article 11, paragraphe 1, premier alinéa, du règlement (CE) n^o 885/2006 de la Commission, du 21 juin 2006, portant modalités d’application du règlement (CE) n^o 1290/2005 du Conseil en ce qui concerne l’agrément des organismes payeurs et autres entités ainsi que l’apurement des comptes du FEAGA et du Feader (JO 2006, L 171, p. 90, ci-après la « première communication »). La Commission estimait que certaines dépenses n’avaient pas été effectuées dans le respect du droit de l’Union européenne.

3        La République portugaise a répondu aux constatations de la Commission par lettre du 30 avril 2013.

4        Par lettre du 14 novembre 2013, la Commission a invité les autorités portugaises à une réunion bilatérale, conformément à l’article 11, paragraphe 1, troisième alinéa, du règlement n^o 885/2006. Cette réunion bilatérale s’est tenue le 19 février 2014.

5        Par lettre du 26 mai 2014, la Commission a communiqué aux autorités portugaises le procès-verbal de la réunion bilatérale.

6        Le 26 mars 2015, la Commission a communiqué ses conclusions à la République portugaise, conformément à l’article 11, paragraphe 2, troisième alinéa, du règlement n^o 885/2006 (ci-après les « conclusions du 26 mars 2015 »). Il ressort des conclusions du 26 mars 2015 que la Commission maintient sa position selon laquelle l’application du système de la conditionnalité n’était pas conforme aux normes de l’Union au cours des exercices 2010 à 2012. Elle a donc proposé d’exclure du financement de l’Union un montant de 9 533 418,92 euros.

7        Par lettre du 7 mai 2015, la République portugaise a demandé l’ouverture d’une procédure devant l’organe de conciliation, conformément à l’article 16 du règlement n^o 885/2006. Le 14 octobre 2015, cet organe a conclu à l’impossibilité de concilier les points de vue des deux parties.

8        Par lettre du 14 décembre 2015, la Commission a communiqué aux autorités portugaises sa position définitive.

9        Les motifs des corrections financières effectuées par la Commission sont résumés dans le rapport de synthèse du 20 mai 2016 concernant les résultats des vérifications de la Commission dans le contexte de la procédure d’apurement de conformité (ci-après le « rapport de synthèse »).

10      Par la décision d’exécution (UE) 2016/1059, du 20 juin 2016, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2016, L 173, p. 59, ci-après la « décision attaquée »), la Commission a écarté du financement de l’Union, s’agissant de la République portugaise, un montant de 8 984 891,60 euros correspondant à des dépenses déclarées par la République portugaise au titre de la conditionnalité, au cours des exercices financiers allant de 2010 à 2012.

 Procédure et conclusions des parties

11      Par requête déposée au greffe du Tribunal le 22 août 2016, la République portugaise a introduit le présent recours.

12      La République portugaise conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :

–        annuler la décision attaquée en ce qu’elle lui applique une correction financière d’un montant de 8 984 891,60 euros pour les dépenses effectuées au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (ci-après les « Fonds ») en ce qui concerne la conditionnalité pour les exercices 2010, 2011 et 2012 ;

–        condamner la Commission aux dépens.

13      La Commission conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :

–        rejeter le recours ;

–        condamner la République portugaise aux dépens.

14      Par lettre déposée au greffe du Tribunal le 17 février 2017, la Commission a demandé, en vertu de l’article 68 du règlement de procédure du Tribunal, la jonction de la présente affaire à l’affaire T‑462/16, Portugal/Commission, aux fins de la phase orale de la procédure et de la décision mettant fin à l’instance.

15      Après avoir recueilli les observations de la République portugaise sur la demande de jonction, le Tribunal (quatrième chambre) a, le 10 mars 2017, décidé de ne pas procéder à la jonction des affaires.

16      Le 19 octobre 2017, sur proposition du juge rapporteur, le Tribunal (quatrième chambre), au titre des mesures d’organisation de la procédure, prévues à l’article 89 du règlement de procédure, a invité la Commission à répondre à deux questions auxquelles celle-ci a répondu par courrier du 3 novembre 2017.

 En droit

17      À l’appui du recours, la République portugaise invoque six moyens, tirés :

–        le premier, d’un défaut de motivation et de la violation de l’article 11 du règlement n^o 885/2006 ;

–        le deuxième, de la violation de l’article 24 du règlement (CE) n^o 73/2009 du Conseil, du 19 janvier 2009, établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs, modifiant les règlements (CE) n^o 1290/2005, (CE) n^o 247/2006 et (CE) n^o 378/2007, et abrogeant le règlement (CE) n^o 1782/2003 (JO 2009, L 30, p. 16), ainsi que de l’article 54, paragraphe 1, sous c), second alinéa, et de l’article 71 du règlement (CE) n^o 1122/2009 de la Commission, du 30 novembre 2009, fixant les modalités d’application du règlement n^o 73/2009 en ce qui concerne la conditionnalité, la modulation et le système intégré de gestion et de contrôle dans le cadre des régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs prévus par ce règlement ainsi que les modalités d’application du règlement (CE) n^o 1234/2007 du Conseil en ce qui concerne la conditionnalité dans le cadre du régime d’aide prévu pour le secteur vitivinicole (JO 2009, L 316, p. 65) ;

–        le troisième, de la violation des articles 26 et 53 du règlement n^o 1122/2009 ;

–        le quatrième, d’un défaut de motivation ;

–        le cinquième, de la violation du principe ne bis in idem ;

–        le sixième, de la violation du principe de proportionnalité et de l’article 31 du règlement (CE) n^o 1290/2005 du Conseil, du 21 juin 2005, relatif au financement de la politique agricole commune (JO 2005, L 209, p. 1).

 Sur l’examen du bien-fondé des moyens

18      À titre liminaire, il y a lieu de rappeler que, selon une jurisprudence constante, les fonds agricoles européens ne financent que les interventions effectuées conformément aux dispositions de l’Union dans le cadre de l’organisation commune des marchés agricoles (voir arrêt du 27 février 2013, Pologne/Commission, T‑241/10, non publié, EU:T:2013:96, point 20 et jurisprudence citée).

19      Lorsque la Commission refuse de mettre à la charge des Fonds certaines dépenses pour cause de violations des dispositions du droit de l’Union imputables à un État membre, il lui appartient non de démontrer d’une façon exhaustive l’insuffisance des contrôles effectués par les administrations nationales ou l’irrégularité des chiffres transmis par elles, mais de présenter un élément de preuve du doute sérieux et raisonnable qu’elle éprouve à l’égard de ces contrôles ou de ces chiffres. Cet allégement de l’exigence de la preuve pour la Commission s’explique par le fait que c’est l’État membre qui est le mieux placé pour recueillir et vérifier les données nécessaires à l’apurement des comptes des Fonds, et auquel il incombe, en conséquence, de présenter la preuve la plus détaillée et complète de la réalité de ses contrôles ou de ses chiffres et, le cas échéant, de l’inexactitude des affirmations de la Commission (arrêts du 11 janvier 2001, Grèce/Commission, C‑247/98, EU:C:2001:4, points 7 à 9, et du 17 mai 2013, Grèce/Commission, T‑294/11, non publié, EU:T:2013:261, point 21).

20      Ainsi, il y a lieu, pour le Tribunal, de vérifier si l’État membre concerné a démontré l’inexactitude des appréciations de la Commission ou l’absence de risque de perte ou d’irrégularité pour les Fonds sur la base de l’application d’un système de contrôle fiable et efficace (voir arrêt du 17 mai 2013, Grèce/Commission, T‑294/11, non publié, EU:T:2013:261, point 22 et jurisprudence citée).

21      C’est à la lumière de ces considérations qu’il convient d’examiner les moyens soulevés par la République portugaise, en commençant par les cinquième, sixième et premier moyens.

 Sur le cinquième moyen, tiré de la violation du principe ne bis in idem

22      En substance, la République portugaise fait grief à la Commission d’avoir appliqué une double, voire une triple correction et donc d’avoir violé le principe ne bis in idem, selon lequel l’État membre ne peut pas être soumis deux fois à la même correction financière pour un même fait.

23      La Commission conteste le bien-fondé de ce moyen.

24      Il convient de rappeler que la Commission a l’obligation de procéder à une correction financière si les dépenses dont le financement est demandé n’ont pas été effectuées conformément aux règles de l’Union. Une telle correction financière tend à éviter la mise à la charge des Fonds de montants n’ayant pas servi au financement d’un objectif poursuivi par la réglementation de l’Union en cause et ne constitue donc pas une sanction (arrêts du 11 janvier 2001, Grèce/Commission, C‑247/98, EU:C:2001:4, point 14, et du 16 septembre 2013, Pays-Bas/Commission, T‑343/11, non publié, EU:T:2013:468, point 111).

25      En outre, selon une jurisprudence constante, s’il appartient à la Commission de prouver l’existence d’une violation des règles de l’Union, une fois cette violation établie, il revient à l’État membre de démontrer, le cas échéant, que la Commission a commis une erreur quant aux conséquences financières à en tirer (voir arrêt du 24 avril 2008, Belgique/Commission, C‑418/06 P, EU:C:2008:247, point 135 et jurisprudence citée).

26      En l’espèce, ainsi que cela ressort des antécédents du litige, la Commission a, au terme de l’enquête XC/2011/006/PT, constaté plusieurs irrégularités dont elle a estimé qu’elles devaient donner lieu à une correction financière.

27      À la suite d’un échange de courriers et après la réunion bilatérale du 19 février 2014, la Commission a, tout d’abord, communiqué les conclusions du 26 mars 2015, dans lesquelles elle faisait état de sa proposition d’imposer une correction financière d’un montant net de 9 533 418,92 euros.

28      Ensuite, à la suite de la procédure de conciliation, la Commission a fait connaître aux autorités portugaises sa position définitive quant au montant de la correction financière à appliquer, à savoir la somme de 9 533 418,92 euros. Ainsi que cela ressort tant des conclusions du 26 mars 2015 que de sa position définitive, la Commission a annexé un tableau détaillé, obtenu en utilisant l’application Cast/Combo par l’intermédiaire de laquelle la correction financière a été calculée pour les exercices financiers allant de 2010 à 2012 (ci-après le « tableau détaillé »). Par ailleurs, il doit être souligné que, en plus de ce tableau détaillé, les conclusions du 26 mars 2015 contenaient trois tableaux résumant les chiffres figurant dans le tableau détaillé (ci-après les « tableaux de synthèse »). Les tableaux de synthèse étaient immédiatement suivis de la précision suivante :

« La correction financière nette proposée est ajustée pour tenir compte de l’incidence de la correction financière appliquée dans le cadre de l’enquête NAC/2011/004/PT. Toutefois, si les corrections financières décidées par la Commission dans le cadre de cette enquête sont partiellement ou totalement annulées par la Cour de justice de l’Union européenne, la correction financière proposée dans le cadre de la présente enquête (XC/2011/006/PT) sera appliquée au cours d’une phase ultérieure en ce qui concerne également les montants annulés. »

29      Enfin, la Commission a envoyé aux autorités portugaises le rapport de synthèse résumant l’ensemble des étapes de la procédure d’apurement et dans lequel étaient notamment repris les tableaux de synthèse. Par ailleurs, il était mentionné à la fin de ce même rapport, à la page 189, ce qui suit :

« Le montant brut total [de la correction forfaitaire proposée] est de 9 567 830,74 euros. Toutefois, la DG [“Agriculture et développement rural”] tiendra compte de l’incidence des corrections financières appliquées aux mêmes dépenses dans le cadre des enquêtes NAC/2011/004/PT, AA/2010/015/PT, AA/2011/015/PT, NAC/2012/005/PT, CEB/2013/006/PT, NAC/2013/006/PT et AA/2013/004/PT, et réduira la présente correction en conséquence. Partant, le montant net à exclure […] est de 8 984 891,60 euros.

Si une correction du montant de ces mêmes dépenses devait être décidée, la DG [“Agriculture et développement rural”] veillera à ce que la correction alors décidée soit réduite de façon à tenir compte de l’incidence des corrections financières antérieures.

Si toutefois les corrections financières adoptées par la Commission sont annulées en tout ou partie par la Cour de justice de l’Union européenne, le montant de la réduction appliquée par la correction ultérieure pourra être exécuté ultérieurement. »

30      La République portugaise, dans ses écritures et lors de l’audience, a allégué que la Commission avait violé le principe ne bis in idem selon lequel l’État membre ne pouvait pas être soumis deux fois à la même correction financière pour un même fait, au motif que la Commission avait appliqué à chaque campagne couverte par l’audit des corrections financières pour trois exercices financiers différents. À cet égard, elle se fonde sur les tableaux de synthèse dont il ressortirait que, au cours de l’exercice 2010, pour les rubriques 050301, 050302 et 050405, la Commission a appliqué trois corrections financières de 5 % à trois exercices financiers différents, à savoir les exercices 2011, 2012 et 2013. Tel serait également le cas pour la campagne de 2011.

31      À cet égard, à l’instar de ce que soutient, en substance, la Commission, force est toutefois de constater que l’allégation de la République portugaise repose sur une compréhension erronée de la procédure d’apurement des comptes en matière de conditionnalité ainsi que du tableau détaillé et des tableaux de synthèse, figurant dans les conclusions du 26 mars 2015, dans la position définitive de la Commission du 14 décembre 2015 et dans le rapport de synthèse.

32      S’agissant de la procédure d’apurement en matière de conditionnalité, la Commission a notamment fait valoir dans son mémoire en défense, dans sa réponse à une mesure d’organisation de la procédure et à l’audience, premièrement, que c’étaient les déclarations annuelles des sommes payées par les États membres, au titre de la politique agricole commune, qui constituaient la source des dépenses faisant l’objet de corrections financières. Deuxièmement, qu’il était inhérent aux règles applicables en matière de conditionnalité que des demandes d’aide introduites dans le courant d’un exercice contrôlé « n » donnent lieu à des paiements au cours de l’exercice « n + 1 » et des exercices suivants. Tel est le cas, notamment, des paiements directs et des mesures agroenvironnementales au titre du développement rural. C’est pourquoi, lorsqu’une enquête porte sur l’exercice « n », la dépense à corriger concernera les exercices financiers « n + 1 » et suivants. S’agissant des mesures vitivinicoles, pour lesquelles le respect des exigences en matière de conditionnalité doit être garanti dans l’année suivant celle du paiement de l’aide, la Commission a mentionné que, lorsqu’une enquête portait sur l’exercice « n », les dépenses à corriger concerneraient les exercices financiers « n - 1 » et « n », mais seraient limitées aux paiements effectués au cours de l’année « n ». Enfin, troisièmement, la Commission a précisé que tout chevauchement ou double correction était en principe exclu grâce à l’application dite Cast/Combo par laquelle les corrections financières étaient calculées séparément pour chacune des trois mesures susmentionnées, en introduisant les paramètres pertinents tels que les codes budgétaires liés à la mesure en cause, les exercices concernés par la demande, les exercices financiers, les dates de la demande et celles des paiements ainsi que le pourcentage du taux forfaitaire à appliquer. Or, en l’espèce, c’est précisément en suivant cette procédure que la Commission a indiqué avoir calculé le montant de la correction financière finalement imposée dans la décision attaquée et avoir pu éviter tout chevauchement avec des corrections antérieures.

33      S’agissant du tableau détaillé, la Commission a souligné qu’il ressortait de la colonne « correction précédente », figurant aux pages 5 et 6 de celui-ci, que certains montants de base soumis aux corrections forfaitaires avaient été réduits pour éviter des chevauchements avec des corrections précédemment appliquées aux mêmes codes budgétaires et aux mêmes exercices financiers à l’issue d’autres enquêtes. C’est la raison pour laquelle, la correction brute totale d’un montant de 9 567 830,74 euros a été réduite à un montant de 9 533 418,92 euros afin de tenir compte de la correction financière déjà appliquée dans le cadre de l’enquête NAC/2011/004/PT ainsi que cela a été précisé à la page 13 des conclusions du 26 mars 2015. Quant aux tableaux de synthèse, repris dans ces conclusions et dans le rapport de synthèse, s’il est vrai, comme le souligne la République portugaise, que, s’agissant des exercices 2010 et 2011, la Commission a appliqué trois corrections financières de 5 % à trois exercices financiers différents pour les rubriques 050301, 050302 et 050405, la Commission a relevé que les montants pour chacune de ces rubriques étaient différents dès lors qu’ils dépendaient des montants déclarés et payés par la République portugaise au titre de la politique agricole commune.

34      Ainsi, contrairement à ce que soutient, en substance, la République portugaise, les échanges ayant eu lieu lors de la procédure tels qu’ils ont été repris aux points 26 à 29 ci-dessus ainsi que la procédure suivie par la Commission pour calculer le montant de la correction financière, tendent à démontrer qu’elle a veillé à éviter tout chevauchement et double imposition. En tout état de cause, force est de constater que la République portugaise ne présente aucun argument de nature à contredire les faits exposés dans ces mêmes points, ni à établir que la Commission a commis une erreur, au sens de la jurisprudence rappelée au point 25 ci-dessus.

35      Par conséquent, il convient de considérer que la République portugaise n’a pas établi de violation du principe ne bis in idem.

36      Le cinquième moyen doit donc être écarté comme étant non fondé.

 Sur le sixième moyen, tiré de de la violation du principe de proportionnalité et de l’article 31 du règlement n^o 1290/2005

37      La République portugaise rappelle que les règles relatives à la conditionnalité ne constituent pas des règles d’admissibilité pour l’octroi d’une aide, mais un ensemble d’obligations dont le non-respect est sanctionné par la réduction ou l’exclusion de l’aide, conformément aux dispositions de l’article 23 du règlement n^o 73/2009. Dès lors, selon elle, d’une part, le risque pour les Fonds doit être évalué sur la base du risque de préjudice financier résultant de la non-application de réductions ou d’exclusions et, d’autre part, la correction financière ne peut pas s’appliquer à l’ensemble des bénéficiaires des aides soumises à la conditionnalité, mais uniquement à ceux ayant fait l’objet d’un contrôle dans la mesure où seuls ces derniers peuvent faire l’objet d’une sanction.

38      La République portugaise relève que, en vertu de l’article 71, paragraphe 4, du règlement n^o 1122/2009, la réduction maximale en cas de non-conformité ne peut dépasser 5 % et que seules les exploitations agricoles ayant fait l’objet d’une action de contrôle peuvent faire l’objet d’une réduction ou d’une exclusion. Selon elle, la violation des règles relatives à la conditionnalité ne donne lieu à une réduction ou à une exclusion du montant des aides que si elle a été détectée dans le cadre d’un contrôle si bien que le préjudice pour les Fonds ne peut jamais être supérieur au montant des aides versées aux agriculteurs faisant l’objet d’un contrôle. Enfin, dans la réplique, la République portugaise affirme que les simples orientations prévues dans le document AGRI‑2005-64043, adopté le 9 juin 2006 et intitulé « Communication sur le traitement, par la Commission, dans le contexte de l’apurement des comptes du FEOGA, section “Garantie”, des insuffisances constatées dans les systèmes de contrôle de la conditionnalité mis en œuvre par les États membres » (ci-après le « document 2005-64043 »), ne peuvent pas se superposer à l’application de la législation en vigueur, car, dans le cas contraire, il en résulterait une violation injustifiée de cette dernière. Or, elle fait valoir, en substance, que tel est le cas en l’espèce dès lors que, en vertu des dispositions de l’article 71, paragraphe 4, du règlement n^o 1122/2009, la réduction maximale en cas de non-conformité ne peut pas dépasser 5 % et que le montant que la Commission propose d’exclure du financement de l’Union est supérieur à celui qui résulterait d’une application de la sanction à toutes les exploitations contrôlées au taux maximal de réduction de 5 %.

39      La Commission conteste le bien-fondé de ce moyen.

40      À titre liminaire, il convient de relever que l’argumentation exposée par la République portugaise revient, en substance, à soutenir que la Commission a violé le principe de proportionnalité ainsi que l’article 31, paragraphe 2, du règlement n^o 1290/2005, lequel a été remplacé à compter du 1^er janvier 2015 par l’article 52 du règlement (UE) n^o 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil, du 17 décembre 2013, relatif au financement, à la gestion et au suivi de la politique agricole commune et abrogeant les règlement (CEE) n^o 352/78, (CE) n^o 165/94, (CE) n^o 2799/98, (CE) n^o 814/2000, n^o 1200/2005 et n^o 485/2008 (JO 2013, L 347, p. 549), au motif que, d’une part, en vertu de l’article 71, paragraphe 4, du règlement n^o 1122/2009, la réduction maximale en cas de non-conformité ne pouvait dépasser 5 % et que, d’autre part, seules les exploitations agricoles ayant fait l’objet d’une action de contrôle pouvaient faire l’objet d’une réduction ou d’une exclusion.

41      À cet égard, il y a lieu de constater que les parties s’accordent sur le fait que, en matière de conditionnalité, le risque pour les Fonds n’est pas évalué, en principe, sur la base du risque résultant de dépenses non admissibles, mais sur la base du risque de préjudice financier résultant de la non-application de sanctions. De même, elles partagent le point de vue selon lequel, en principe, le non-respect par un agriculteur des exigences en matière de conditionnalité, constaté lors d’un contrôle, donne lieu à des sanctions individuelles. Cela ressort d’ailleurs clairement des articles 22 à 24 du règlement n^o 73/2009 et des articles 70 à 72 du règlement n^o 1122/2009, en vertu desquels, en substance, en cas de non-conformité constatée lors d’un contrôle, une réduction ou une exclusion est appliquée au montant total des aides octroyées à l’agriculteur contrôlé.

42      S’agissant, en premier lieu, de l’argument selon lequel seules les exploitations agricoles ayant fait l’objet d’une action de contrôle peuvent faire l’objet d’une réduction ou d’une exclusion, s’il est vrai, ainsi que le soutient à juste titre la République portugaise, que le risque encouru par les Fonds correspond, en principe, aux sanctions non appliquées pour le non-respect des exigences en matière de conditionnalité et que ce risque est, en principe, limité à l’échantillon de contrôle tel qu’il a été défini notamment aux articles 50 et 51 du règlement n^o 1122/2009, il y a lieu de considérer que cela ne vaut que si le système de contrôle des exigences en matière de conditionnalité mis en place par l’État membre est efficace. En effet, seul un tel système permet de contrôler le respect des exigences par les agriculteurs inclus dans l’échantillon de contrôle sur place et d’élargir cet échantillon si nécessaire dans l’hypothèse où les contrôles auraient fait apparaître des cas significatifs de non-conformité.

43      En revanche, ainsi que le soutient la Commission, dans l’hypothèse où le système de contrôle est défaillant, un État membre ne peut garantir le contrôle et le respect des règles établies par les règlements n^os 73/2009 et 1122/2009 et il n’est donc pas possible de s’assurer que le risque pour les Fonds est limité à l’échantillon de contrôle.

44      À titre d’exemple, un système défaillant ne permettra notamment pas la mise en œuvre de l’article 50, paragraphe 3, du règlement n^o 1122/2009, lequel prévoit que, « [s]i les contrôles sur place révèlent un niveau significatif de non-conformité pour un acte ou une norme donnés, le nombre de contrôles sur place à exécuter pour l’acte ou la norme concernés au cours de la période de contrôle suivante est revu à la hausse ». En effet, dans l’hypothèse où des contrôles sont défaillants, aucun niveau significatif de non-conformité ne sera relevé et l’échantillon de contrôle ne sera jamais revu à la hausse entraînant moins de sanctions et de réductions que celles qui auraient dû être appliquées.

45      Or, c’est précisément pour tenir compte de cette hypothèse que la Commission a prévu, dans le document 2005-64043, que le risque pour les Fonds puisse s’étendre au-delà des agriculteurs ayant été contrôlés.

46      À cet égard, il y a lieu de rappeler que ledit document prévoit notamment ce qui suit :

« À la lecture de l’article 8 du règlement (CE) n^o 1258/1999 [du Conseil, du 17 mai 1999, relatif au financement de la politique agricole commune (JO 1999, L 160, p. 103)], lequel requiert de la part des États membres qu’ils prennent les mesures nécessaires pour :

–        s’assurer de la réalité et de la régularité des opérations financées par le Fonds ;

–        prévenir et poursuivre les irrégularités ;

–        récupérer les sommes perdues à la suite d’irrégularités ou de négligences,

les services de la Commission en déduisent que le dysfonctionnement du système de contrôle de l’État membre entraîne un risque pour le Fonds étant donné que les dépenses déclarées au fonds sont surévaluées de 100 % des sanctions qui auraient pu être prises si les règles avaient été appliquées correctement.

En outre, en vertu de l’article 7, paragraphe 4, dudit règlement, les services de la Commission écartent les dépenses du financement communautaire lorsqu’ils constatent qu’elles n’ont pas été effectuées conformément aux règles communautaires, y compris dans le cas où un État membre omet de réaliser les contrôles expressément requis par la réglementation en question.

Les services de la Commission estiment par conséquent que, pour évaluer ces dépenses non admissibles, l’utilisation de corrections forfaitaires établies sur la base de la définition de contrôles essentiels et secondaires a prouvé son efficacité. Il convient dès lors de les employer également lorsque des carences sont constatées dans le système de conditionnalité.

Conformément aux principes applicables en matière de contrôles d’admissibilité, la non-application de sanctions résultant de l’absence de contrôles sur le terrain ou de la réalisation inadéquate de ces contrôles dans le contexte de la conditionnalité (exigences réglementaires en matière de gestion et bonnes conditions agricoles et environnementales), ainsi que la non-application ou l’application inadéquate de sanctions réglementaires entraînant la perte de leur effet dissuasif, seraient notamment considérés comme une carence dans le cadre d’un contrôle essentiel.

De même, les insuffisances constatées dans une analyse du risque, notamment, seraient considérées comme une carence dans le cadre d’un contrôle secondaire.

Comme le prévoit actuellement le document n° VI/5330/97 [de la Commission, du 23 décembre 1997, intitulé “Orientations concernant le calcul des conséquences financières lors de la préparation de la décision d’apurement des comptes du FEOGA-Garantie”], le taux de correction doit être appliqué à la part des fonds pour laquelle la dépense a constitué un risque. Dans le contexte de la conditionnalité, cela signifie que, lorsque les résultats sont établis par rapport à une autorité compétente en matière de contrôle (organisme de contrôle spécialisé ou organisme payeur), le montant total de l’aide versée aux agriculteurs qui doivent être contrôlés par cette autorité et auxquels incombe l’obligation sur laquelle portent les carences doit faire l’objet d’une correction. Cette correction sera appliquée au niveau de sanctions qui aurait été adopté si le contrôle avait été réalisé selon les normes préconisées. »

47      Dans ces conditions, il y a lieu de rejeter l’argument de la République portugaise par lequel elle fait valoir que la violation des règles relatives à la conditionnalité ne donne lieu à une réduction ou à une exclusion du montant des aides que si elle a été détectée dans le cadre d’un contrôle, si bien que le préjudice pour les Fonds ne peut jamais être supérieur au montant des aides versées aux agriculteurs faisant l’objet d’un contrôle.

48      S’agissant, en second lieu, de l’argument selon lequel, eu égard au taux de 5 % prévu à l’article 71, paragraphe 4, du règlement n^o 1122/2009, l’application de la correction financière contestée est contraire au principe de proportionnalité et à l’article 31, paragraphe 2, du règlement n^o 1290/2005, il ne peut qu’être rejeté.

49      En effet, s’il est vrai que l’article 71, paragraphe 4, du règlement n^o 1122/2009 mentionne que la réduction maximale ne peut dépasser 5 %, force est de constater que cette disposition concerne les réductions que l’État membre doit appliquer à l’agriculteur dans le cas où la non-conformité aux règles de conditionnalité résulterait d’une négligence de la part de ce dernier, ce qui n’est pas le cas en l’espèce. Partant, cette disposition n’a pas d’incidence sur une correction que la Commission pourrait être amenée à appliquer à un État membre au titre des défaillances du système de contrôle des exigences en matière de conditionnalité. Il convient de souligner, à cet égard, que les taux prévus par le règlement n^o 1122/2009 ne sont destinés à s’appliquer que dans l’hypothèse où le système de contrôle de l’État membre est efficace et que des cas de non-conformité sont détectés lors des contrôles, entraînant des réductions pour les agriculteurs ne s’étant pas conformés aux exigences en matière de conditionnalité. En revanche, s’agissant du taux de correction à appliquer aux montants résultant du risque encouru par les Fonds en cas de système de contrôle défaillant, il y a lieu de se référer au document 2005‑64043, lequel prévoit des taux allant de 2 à 100 % en fonction de la gravité de la carence constatée. Contrairement à ce que soutient la République portugaise dans la réplique, l’application par la Commission du document 2005‑64043 ne peut donc constituer une violation de l’article 71, paragraphe 4, du règlement n^o 1122/2009 (voir point 38 ci-dessus).

50      Eu égard aux considérations qui précèdent, il convient de considérer que la République portugaise ne saurait valablement soutenir que, eu égard au taux de 5 % prévu à l’article 71, paragraphe 4, du règlement n^o 1122/2009 et à la circonstance que seules les exploitations agricoles ayant fait l’objet d’une action de contrôle peuvent faire l’objet d’une réduction ou d’une exclusion, la Commission a violé le principe de proportionnalité et l’article 31, paragraphe 2, du règlement n^o 1290/2005.

51      Dans ces conditions, il y a lieu de rejeter le sixième moyen comme étant non fondé.

 Sur le premier moyen tiré d’un défaut de motivation et de la violation de l’article 11 du règlement n^o 885/2006

52      Au soutien de ce moyen, lequel se divise, en substance, en huit branches, la République portugaise soutient que la première communication, envoyée en application de l’article 11 du règlement n^o 885/2006, ne respecte pas totalement cette disposition, dans la mesure où, soit elle n’indique pas clairement les exercices ayant fait l’objet de l’enquête, soit elle ne précise pas les résultats des vérifications, soit elle ne fournit pas la moindre indication quant aux mesures correctives à prendre pour remédier aux prétendues irrégularités constatées par la Commission.

53      Dans ces conditions, la République portugaise fait valoir, en substance, que la première communication lui a été adressée sans qu’elle ait pu remédier à d’éventuelles déficiences pour respecter à l’avenir les règles de l’Union, de sorte qu’elle n’a pas bénéficié de la garantie procédurale accordée aux États membres par l’article 11 du règlement n^o 885/2006. Selon elle, dès lors que la première communication ne permettait pas de connaître parfaitement les réserves de la Commission, elle ne pouvait pas remplir sa fonction d’avertissement, ce que la jurisprudence exigerait, si bien que la décision attaquée doit être annulée en ce qu’elle impose une correction financière en matière de conditionnalité.

54      La Commission conteste le bien-fondé de ce moyen.

55      Tout d’abord, s’agissant de l’argument selon lequel la première communication n’indiquerait pas les exercices ayant fait l’objet de l’enquête, la Commission soutient qu’il était indiqué de manière claire et explicite, à la première page de la première communication, que l’enquête couvrait les exercices 2010 et suivants, c’est-à-dire, nécessairement, les exercices 2010, 2011 et 2012.

56      Ensuite, la Commission reproche à la République portugaise de fonder son argumentation sur des parties limitées de la première communication au lieu de tenir compte de l’intégralité de son contenu.

57      Enfin, s’agissant de l’argument selon lequel la première communication ne remplirait pas sa fonction d’avertissement, la Commission relève que la version en portugais de la première communication date du mois de janvier 2013 et que la période faisant l’objet des corrections correspond aux exercices 2010 à 2012. Selon elle, cela signifie que, en l’espèce, cet argument manque de pertinence et se révèle trompeur, puisque, en 2013, plus rien ne pouvait être fait par la République portugaise pour remédier aux situations constatées pour les exercices 2010 à 2012.

58      À titre liminaire, bien que le premier moyen vise expressément une violation de l’obligation de motivation ainsi qu’une violation de l’article 11 du règlement n^o 885/2006, force est de constater que l’argumentation exposée par la République portugaise au soutien de ce moyen, tend exclusivement à démontrer une violation de l’article 11 du règlement n^o 885/2006. C’est donc en ce qu’il tend à démontrer une violation de cette disposition qu’il y a lieu d’examiner le premier moyen.

59      À cet égard, il y a lieu de rappeler qu’il résulte d’une jurisprudence constante que la décision finale et définitive relative à l’apurement des comptes doit être prise à l’issue d’une procédure contradictoire spécifique au cours de laquelle les États membres concernés doivent disposer de toutes les garanties requises pour présenter leur point de vue (arrêts du 29 janvier 1998, Grèce/Commission, C‑61/95, EU:C:1998:27, point 39, et du 14 décembre 2000, Allemagne/Commission, C‑245/97, EU:C:2000:687, point 47).

60      Par ailleurs, il y a lieu également de rappeler que, selon une jurisprudence constante, la Commission est tenue de respecter, dans les relations avec les États membres, les conditions qu’elle s’est imposées par des règlements d’application. En effet, le non-respect de ces conditions peut, selon son importance, vider de sa substance la garantie procédurale accordée aux États membres par l’article 31 du règlement n^o 1290/2005 (voir, par analogie, arrêt du 17 juin 2009, Portugal/Commission, T‑50/07, non publié, EU:T:2009:206, point 27 et jurisprudence citée).

61      En outre, l’article 31 du règlement n^o 1290/2005, d’une part, et l’article 11 du règlement n^o 885/2006, d’autre part, visent la même étape de la procédure d’apurement des comptes des fonds agricoles européens, à savoir l’envoi de la communication par la Commission à l’État membre, à l’issue des contrôles qu’elle a effectués (voir, par analogie, arrêts du 24 janvier 2002, Finlande/Commission, C‑170/00, EU:C:2002:51, point 27, et du 17 juin 2009, Portugal/Commission, T‑50/07, non publié, EU:T:2009:206, point 28 et jurisprudence citée).

62      L’article 11 du règlement n^o 885/2006 définit les différentes étapes à respecter lors de la procédure d’apurement des comptes des fonds agricoles européens. En particulier, l’article 11, paragraphe 1, premier alinéa, de ce règlement précise le contenu de la communication écrite par laquelle la Commission communique le résultat de ses vérifications aux États membres, avant l’organisation de la réunion bilatérale (voir, par analogie, arrêts du 24 février 2005, Grèce/Commission, C‑300/02, EU:C:2005:103, point 68, et du 24 mars 2011, Grèce/Commission, T‑184/09, non publié, EU:T:2011:120, point 40). Aux termes de l’article 11, paragraphe 1, du règlement n^o 885/2006, si à la suite d’une enquête, la Commission considère que des dépenses n’ont pas été effectuées conformément à la réglementation de l’Union, elle communique ses constatations à l’État membre concerné et lui indique les mesures correctives qui s’imposent à l’avenir afin d’assurer le respect desdites règles. En outre, cet article prévoit que la Commission et l’État membre concerné participent à une réunion bilatérale portant sur la base des dépenses que la Commission propose d’exclure du financement et essaient d’arriver à un accord.

63      Il convient de rappeler, par ailleurs, qu’il a d’ores et déjà été jugé que la communication écrite visée à l’article 11 du règlement n^o 885/2006 devait être de nature à donner à l’État membre une parfaite connaissance des réserves de la Commission, de sorte qu’elle puisse alors remplir la fonction d’avertissement qui lui est impartie par cette disposition (voir, par analogie, arrêts du 7 octobre 2004, Espagne/Commission, C‑153/01, EU:C:2004:589, point 93 ; du 3 mai 2012, Espagne/Commission, C‑24/11 P, EU:C:2012:266, point 27, et du 17 juin 2009, Portugal/Commission, T‑50/07, non publié, EU:T:2009:206, point 39).

64      Il s’ensuit que, dans la communication écrite, la Commission doit indiquer, de manière suffisamment précise, l’objet de l’enquête menée par ses services et les carences constatées lors de cette enquête, celles-ci étant susceptibles d’être invoquées ultérieurement comme élément de preuve du doute sérieux et raisonnable qu’elle éprouve à l’égard des contrôles effectués par les administrations nationales ou des chiffres transmis par ces dernières et, ainsi, de justifier les corrections financières retenues dans la décision finale écartant du financement de l’Union certaines dépenses effectuées par l’État membre concerné au titre des Fonds (voir, par analogie, arrêt du 17 juin 2009, Portugal/Commission, T‑50/07, non publié, EU:T:2009:206, point 40).

65      En outre, le non-respect de ladite condition imposée à l’article 11 du règlement n^o 885/2006 vide de sa substance la garantie procédurale accordée aux États membres par l’article 31 du règlement n^o 1290/2005, qui limite dans le temps les dépenses sur lesquelles peut porter un refus de financement par les Fonds (voir, par analogie, arrêt du 3 mai 2012, Espagne/Commission, C‑24/11 P, EU:C:2012:266, point 29 et jurisprudence citée).

66      L’article 11 du règlement n^o 885/2006 doit ainsi être lu conjointement avec l’article 31 du règlement n^o 1290/2005. Selon cette disposition, la Commission ne peut pas exclure les dépenses qui ont été effectuées plus de 24 mois avant qu’elle ait notifié par écrit à l’État membre concerné les résultats des vérifications. Il en résulte que la communication écrite prévue à l’article 11 du règlement n^o 885/2006 a pour objet d’avertir son destinataire que les dépenses effectuées pendant la période de 24 mois qui précède la notification de cette communication peuvent être exclues du financement par les Fonds et que, partant, celle-ci constitue l’élément de référence pour le décompte du délai de 24 mois ainsi prévu (voir, par analogie, arrêt du 3 mai 2012, Espagne/Commission, C‑24/11 P, EU:C:2012:266, point 30).

67      En conséquence, afin de remplir sa fonction d’avertissement, la communication visée à l’article 11 du règlement n^o 885/2006 doit d’emblée identifier de manière suffisamment précise toutes les irrégularités reprochées à l’État membre concerné qui ont, en définitive, fondé la correction financière effectuée. Seule une telle communication est en mesure de garantir une parfaite connaissance des réserves de la Commission et peut constituer l’élément de référence pour le décompte du délai de 24 mois prévu à l’article 31 du règlement n^o 1290/2005 (voir, par analogie, arrêt du 3 mai 2012, Espagne/Commission, C‑24/11 P, EU:C:2012:266, point 31).

68      Conformément à la jurisprudence citée aux points 59 à 67 ci-dessus, il convient d’examiner, pour chacun des manquements constatés, si la première communication satisfaisait aux exigences de l’article 11 du règlement n^o 885/2006, lu conjointement avec l’article 31 du règlement n^o 1290/2005, et si elle constituait, par conséquent, une communication régulière en application desdites dispositions. À cet effet, il devra être vérifié que, dans ladite communication, la Commission a suffisamment identifié l’objet et les résultats de ses enquêtes, à savoir les carences constatées sur lesquelles est fondée la correction financière au détriment de la République portugaise pour les exercices 2010, 2011 et 2012, et a indiqué les mesures correctives qui devaient être adoptées à l’avenir.

–       Sur la première branche relative à la norme BCAE-Terrasses de retenue

69      La République portugaise estime que l’annexe I, point 3, de la première communication ne remplit pas sa fonction d’avertissement pour les exercices 2010, 2011 et 2012 dans la mesure où la Commission s’est limitée à demander une explication sur l’application de la législation nationale, sans expliquer ni imputer l’existence d’une quelconque constatation ou d’une quelconque violation d’une disposition relative aux exigences de la norme « bonnes conditions agricoles et environnementales » (ci-après la « norme BCAE ») relatives aux « Terrasses de retenue » (ci-après la « norme BCAE-Terrasses de retenue »). Elle ajoute que, en tout état de cause, cette norme serait facultative en ce que l’État membre dispose d’un pouvoir d’appréciation quant à sa mise en œuvre, ce qui serait corroboré par l’annexe III du règlement n^o 73/2009.

70      La Commission conteste le bien-fondé de cette branche en soutenant que les constatations faites à l’annexe I, point 3, de la première communication soulèvent l’existence de doutes sérieux quant à la définition relative à la norme BCAE-Terrasses de retenue qui ne permettrait pas d’atteindre les objectifs réglementaires. La Commission ajoute que ces doutes ne seraient que le prolongement des préoccupations qui avaient déjà été évoquées dans une lettre datée du 27 juin 2012, adressée aux autorités portugaises et jointe en annexe au mémoire en défense dans la présente procédure. D’après la Commission, cette lettre, dont la République portugaise conteste qu’elle puisse être soumise au Tribunal au motif qu’elle n’a pas été échangée dans le contexte de la procédure d’apurement, démontrerait que la République portugaise connaissait bien les questions en cause en l’espèce, et ce avant même de recevoir la première communication. En effet, la Commission indique que cette lettre contenait l’appréciation selon laquelle la norme en question avait été considérée comme manquante, en particulier en 2010. Enfin, la Commission ajoute que, afin de clarifier cette situation, elle avait demandé des informations complémentaires, qui ont été discutées lors de la réunion bilatérale du 19 février 2014.

71      S’agissant de l’argument tiré du caractère facultatif de la mise en œuvre de la norme BCAE-Terrasses de retenue, la Commission fait valoir que, conformément à l’article 6, paragraphe 1, du règlement n^o 73/2009, si l’État membre choisit de définir, comme ce fut le cas en l’espèce, une telle norme, il doit la respecter que celle-ci soit facultative ou non. Elle observe que ce point de vue a d’ailleurs été avancé dans la lettre du 27 juin 2012, adressée aux autorités portugaises.

72      À cet égard, s’agissant de la norme BCAE-Terrasses de retenue, il ressort de l’annexe I de la première communication que la Commission a précisé, au point 3, ce qui suit :

« Conformément à l’article 6, paragraphe 1, du règlement n^o 73/2009, l’annexe III de ce règlement fixe le cadre sur la base duquel les États membres définissent, au niveau national ou régional, les exigences minimales pour les bonnes conditions agricoles et environnementales. L’article 4 de ce règlement dispose que tout agriculteur percevant des paiements directs est tenu de respecter les bonnes conditions agricoles et environnementales visées à l’article 6.

L’article 149, sous c), de ce règlement dispose que la norme “Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau” devait entrer en vigueur entre le 1^er janvier 2010 et le 1^er janvier 2012.

Les autorités portugaises ont confirmé que la norme n’a pas encore été appliquée, bien qu’elle ait été définie dans la législation nationale et que, par conséquent, le respect de cette norme n’a pas non plus été contrôlé dans le cadre de la conditionnalité. Il en est résulté un risque pour les [F]onds pendant la période couverte par l’audit.

Il est demandé aux autorités portugaises de prendre des mesures correctives pour garantir l’application et le contrôle du respect de la norme “Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau”.

En outre, la norme définie pour les “Terrasses de retenue” en 2010, 2011 et 2012 dans le cadre de la question “Érosion des sols”, impose que les parcelles équipées de terrasses disposent d’une végétation de couverture sur le talus pendant la période comprise entre le 15 novembre et le 1^er mars, et que le contrôle de cette végétation puisse être réalisé sans retournement du sol en dehors de cette période. Il est demandé aux autorités portugaises d’expliquer comment cette exigence, telle qu’elle est définie, respecte les objectifs de la norme “Terrasses de retenue”. »

73      En l’espèce, si la première communication émet expressément des critiques quant à la norme BCAE « Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau » en estimant que cette norme n’a été ni appliquée ni contrôlée, ce qui présenterait un risque pour les Fonds, force est de constater que ladite communication ne contient aucune réserve ni mesure corrective quant à la norme BCAE-Terrasses de retenue. Contrairement à la norme BCAE « Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau » évoquée à l’annexe I, point 3, de la première communication, la Commission n’affirme pas explicitement que les autorités portugaises n’auraient pas appliqué ou contrôlé la norme BCAE-Terrasses de retenue, mais se borne à demander des explications.

74      Par ailleurs, il y a lieu de relever que, contrairement à la norme BCAE « Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau », la première communication ne contenait aucune mesure corrective à prendre concernant la norme BCAE-Terrasses de retenue.

75      Dans ces circonstances, il y a lieu de considérer que, s’agissant de la norme BCAE-Terrasses de retenue pour les exercices 2010, 2011 et 2012, sur lesquels portent les contestations de la République portugaise, la première communication n’identifie pas de manière suffisamment précise, au sens de la jurisprudence mentionnée aux points 62 à 67 ci-dessus, les irrégularités reprochées à l’État membre ayant fondé la correction financière en l’espèce.

76      C’est donc à juste titre que la République portugaise soutient, dans le cadre de la première branche du premier moyen, que, s’agissant de la norme BCAE-Terrasses de retenue, la première communication ne satisfait pas aux exigences de l’article 11 du règlement n^o 885/2006.

–       Sur la deuxième branche relative aux ERMG n^os 2, 6, 11 et 12, visées à l’annexe II du règlement n^o 73/2009

77      La République portugaise considère que, s’agissant des exigences réglementaires en matière de gestion (ci-après les « ERMG ») n^os 2, 6, 11 et 12, l’annexe I, point 4, de la première communication n’identifie ni les campagnes concrètes ni la période couverte par les constatations. Selon elle, l’utilisation des termes « pendant la période couverte par l’audit » laisse supposer que les constatations concernent uniquement la période de l’audit, c’est-à-dire le mois d’octobre 2012, et non des exercices ou des périodes antérieures. En l’absence de constatations relatives aux exercices 2010 et 2011, la Commission ne pouvait donc pas conclure à l’existence d’un risque pour les Fonds. La République portugaise ajoute que, s’agissant des constatations relatives aux ERMG n^os 2, 6, 11 et 12, pour l’exercice 2012, la Commission se borne à demander une explication sur l’application des normes nationales. Il s’ensuit que, pour cet exercice, la Commission n’était pas en mesure de conclure à l’existence d’un risque pour les Fonds.

78      La Commission conteste le bien-fondé de cette branche.

79      À cet égard, il y a lieu de rappeler que, d’une part, la Commission a informé les autorités portugaises qu’une mission de contrôle concernant la conditionnalité se déroulerait entre le 15 et le 19 octobre 2012 et, d’autre part, que les résultats de cette mission de contrôle ont été communiqués à la République portugaise par la première communication, fondée sur l’article 11 du règlement n^o 885/2006 (voir points 1 et 2 ci-dessus).

80      À la page introductive de la première communication, la Commission a précisé que « [l]’annexe de la présente lettre cont[enait] les observations et les demandes d’informations complémentaires faisant suite à l’enquête susmentionnée, en ce qui concern[ait] les exercices 2010 et suivants ».

81      Dans l’annexe I de la première communication, intitulée « Observations et demandes d’informations », la Commission s’est par la suite référée, pour chacun des manquements constatés, soit aux trois exercices 2010, 2011 et 2012, soit seulement à certains d’entre eux, soit à aucun d’entre eux.

82      S’agissant des constatations relatives aux ERMG n^os 2, 6, 11 et 12, ainsi que le fait valoir la République portugaise, la Commission s’est limitée à utiliser les termes « pendant la période couverte par l’audit » ou « pendant la période d’audit ». En réponse à une question du Tribunal, la Commission a indiqué, lors de l’audience, que ce n’était que lorsqu’une constatation concernait un ou plusieurs exercices en particulier qu’elle avait précisé à l’annexe I de la première communication le ou les exercices concernés. Elle a ajouté que, lorsque qu’une constatation portait sur les trois exercices 2010, 2011 et 2012 ayant fait l’objet de l’enquête, il était suffisant de souligner que le constat valait pour la période couverte par l’audit.

83      Le Tribunal considère que l’indication « pendant la période couverte par l’audit » ou « pendant la période d’audit » ne saurait être considérée comme ne répondant pas aux exigences de précisions visées par la jurisprudence citée aux points 59 à 67 ci-dessus.

84      En effet, une telle indication pouvait difficilement prêter à confusion dans les circonstances de l’espèce dès lors que, d’une part, la République portugaise savait que l’audit avait pour but de vérifier la bonne application des règles relatives à la conditionnalité pour les trois exercices 2010, 2011 et 2012 et que, d’autre part, la Commission a précisé à la première page de la première communication que « [l]’annexe de la présente lettre cont[enait] les observations et les demandes d’informations complémentaires faisant suite à l’enquête susmentionnée, en ce qui concern[ait] les exercices 2010 et suivants ».

85      Partant, la République portugaise ne peut valablement soutenir que l’utilisation, à l’annexe I, point 4, de la première communication, des termes « pendant la période couverte par l’audit », laissait supposer que les constatations concernaient uniquement la période au cours de laquelle l’audit a eu lieu, à savoir le mois d’octobre 2012.

86      Dans ces circonstances, il y a lieu de considérer que, s’agissant des ERMG n^os 2, 6, 11 et 12 pour les exercices 2010, 2011 et 2012, sur lesquels portent les contestations de la République portugaise, la première communication identifie de manière suffisamment précise, au sens de la jurisprudence mentionnée aux points 59 à 67 ci-dessus, les irrégularités reprochées à la République portugaise ayant fondé la correction financière en l’espèce.

87      Partant, la deuxième branche du premier moyen doit être rejetée comme non fondée.

–       Sur la troisième branche relative au calendrier des contrôles sur place

88      La République portugaise rappelle que la Commission lui a reproché, à l’annexe I, point 5, de la première communication, d’avoir effectué des contrôles en 2010 et en 2011 dépourvus d’effet dissuasif dès lors que ces derniers étaient systématiquement réalisés après le mois de juillet. Toutefois, elle relève que la première communication ne remplit pas sa fonction d’avertissement concernant l’exercice 2012, dès lors qu’elle ne contient aucune constatation portant sur cet exercice.

89      La Commission conteste le bien-fondé de cette branche.

90      À cet égard, il convient de relever que, en ce qui concerne le manquement relatif au calendrier des contrôles sur place, la Commission a constaté, sur la base d’informations transmises par la République portugaise, que « les contrôles sur place [avaient] commencé tardivement en 2010 et en 2011 ». Ayant estimé que ce fait constituait une irrégularité en ce qu’il portait atteinte à l’effet dissuasif des contrôles pour ces deux années, la Commission a estimé nécessaire d’obtenir des informations auprès des autorités portugaises relatives à la répartition des contrôles sur place en 2012 afin de vérifier si cette irrégularité persistait. Elle a, dans la première communication, souligné ce qui suit :

« Dès lors, les agriculteurs étant conscients de la possibilité qu’ils ne soient pas contrôlés durant le premier semestre de l’année civile (à l’exception des [identifications électroniques] d’animaux à partir de 2011), l’effet dissuasif des contrôles sur place est extrêmement amoindri et la vérification [à laquelle ils donnent lieu] ne peut donc pas être garantie, conformément aux dispositions de l’article 26 du règlement n^o 1122/2009. Il est demandé aux autorités portugaises de fournir des informations sur la situation concernant l’échantillon de contrôle de la conditionnalité de 2012. »

91      Dans ces conditions, la République portugaise ne saurait valablement soutenir que la première communication ne remplissait pas sa fonction d’avertissement concernant l’exercice 2012, au motif qu’elle ne contenait aucune constatation portant sur cet exercice. D’ailleurs, cette conclusion est pleinement corroborée par la réponse apportée par la République portugaise à cet égard dans sa lettre du 30 avril 2013. En effet, au point 5 de cette lettre, que la République portugaise a intitulé « Échantillon de contrôle de la conditionnalité pour l’année 2012 », elle a indiqué que, « [e]n ce qui concern[ait] l’échantillon de contrôle de la conditionnalité pour 2012 […], les premiers contrôles [avaient] tous été réalisés à une date antérieure à celles des campagnes 2010 et 2011 ». Il en ressort donc sans ambiguïté que la République portugaise avait clairement compris que, compte tenu des manquements relatifs aux exercices 2010 et 2011 mentionnés dans la première communication, la Commission souhaitait vérifier si ces derniers persistaient pour l’exercice 2012.

92      Partant, la troisième branche du premier moyen doit être rejetée comme non fondée.

–       Sur la quatrième branche relative aux lacunes dans l’application de l’identification électronique – ERMG n^o 8 et dans la procédure de communication des mouvements des animaux – ERMG n^o 7

93      La République portugaise estime que si la Commission a bien effectué, à l’annexe I, point 6, de la première communication, des constatations portant sur l’identification électronique des ovins et des caprins, lesdites constatations étaient limitées à la période comprise entre les mois de janvier et de novembre 2010. Quant aux constatations relatives, d’une part, à la communication à la base de données centrale des informations concernant la circulation des ovins et des caprins (point 7 de la première communication) et, d’autre part, au délai de communication des informations pertinentes par les détenteurs de bovins à cette même base de données (point 8 de la première communication), la République portugaise reproche à la Commission de n’avoir indiqué aucune période à laquelle ces constatations correspondaient. Elle en conclut que lesdites constatations concernent uniquement la période de l’audit, c’est-à-dire le mois d’octobre 2012 et non les périodes ou exercices antérieurs.

94      La Commission conteste le bien-fondé de cette branche.

95      Tout d’abord, s’agissant du grief portant sur l’identification électronique des ovins et des caprins, il ne peut qu’être rejeté. En effet, s’il est vrai que la Commission a indiqué, à l’annexe I, point 6, de la première communication, que, « entre janvier et novembre 2010, les exigences de conditionnalité fixées […] pour tous les animaux nés après le 31 décembre 2009 n’[avaient] pas été respectées », elle a immédiatement ajouté que, « [b]ien que l’identification électronique ait été appliquée (le cas échéant) dans les exploitations visitées par les auditeurs chargés de vérifier la conditionnalité (octobre 2012), de sérieux doutes subsist[ai]ent en ce qui concern[ait] sa pleine application pendant l’intégralité des exercices 2011 et 2012 ».

96      Dès lors que les trois exercices sont expressément mentionnés à l’annexe I, point 6, de la première communication, la République portugaise ne saurait valablement soutenir que, s’agissant de l’identification électronique des ovins et des caprins, les constatations de la Commission se sont limitées à la période comprise entre les mois de janvier et de novembre 2010.

97      Ensuite, s’agissant des constatations relatives à la circulation des ovins et des caprins, s’il est vrai que, à l’annexe I, point 7, de la première communication, la Commission a émis des critiques en faisant référence à la période couverte par l’audit sans mentionner le ou les exercices auxquels elle faisait référence, à l’instar des constatations relatives aux ERMG n^os 2, 6, 11 et 12, force est de constater que cette ambiguïté a été expressément levée eu égard à la formulation de la demande d’information qui s’en est suivie. En effet, la Commission, après avoir formulé ses critiques, a indiqué qu'« [i]l [était] demandé aux autorités portugaises de clarifier la procédure de communication des mouvements des animaux dans le cadre de l’ERMG 8 (ovins et caprins), applicable en 2010, 2011 et 2012 ».

98      Enfin, s’agissant du grief relatif au délai de communication des informations pertinentes par les détenteurs de bovins à la base de données centrale, pour les mêmes raisons que celles évoquées au point 97ci-dessus, il doit être rejeté.

99      En effet, s’il est vrai que, à l’annexe I, point 8, de la première communication, l’irrégularité mentionnée n’est associée à aucun exercice en particulier, en indiquant qu’il « est demandé aux autorités portugaises de clarifier la procédure de communication des mouvements des animaux dans le cadre de l’ERMG n^o 7 (bovins), applicable en 2010, 2011 et 2012 », la demande formulée par la Commission laissait entendre de façon évidente que ladite irrégularité portait sur les exercices 2010 à 2012.

100    Dès lors, la République portugaise ne peut pas valablement soutenir que, s’agissant, d’une part, de la circulation des ovins et des caprins et, d’autre part, du délai de communication des informations pertinentes par les détenteurs de bovins à la base de données centrale, les constatations de la Commission étaient limitées à la période de l’audit, à savoir le mois d’octobre 2012.

101    Partant, la quatrième branche du premier moyen doit être rejetée comme non fondée.

–       Sur la cinquième branche relative aux marques auriculaires manquantes - ERMG n^o 7 et ERMG n^o 8

102    La République portugaise fait valoir que l’annexe I, point 9, de la première communication ne fait référence à aucun exercice et ne contient la mention d’aucune violation de règles explicites de l’Union si bien que la Commission ne pouvait pas conclure à l’existence d’un risque pour les Fonds.

103    La Commission conteste le bien-fondé de cette branche.

104    À cet égard, il y a lieu de rappeler que, à l’annexe I, point 9, de la première communication, la Commission a mentionné ce qui suit :

« En ce qui concerne les contrôles d’[identification électronique] de bovins (ERMG n^o 7), ainsi que d’ovins et de caprins (ERMG n^o 8), il n’existe d’infraction aux normes de la conditionnalité que si les deux marques auriculaires manquent. Par conséquent, les animaux sur lesquels est détectée l’absence d’une marque auriculaire (avec le code individuel) ne sont pas considérés en situation irrégulière, même s’ils sont enregistrés en tant que tels dans le rapport de contrôle. La DG [“Agriculture et développement rural”] rappelle aux autorités portugaises que, conformément au document de travail de la Commission DS/2009/31, la non-application de sanctions en raison d’une marque auriculaire manquante tient également compte du taux de pertes par rapport aux “limites normales”. Toutefois, selon les informations reçues, ces limites n’ont pas été définies au Portugal, ce qui a créé un risque pour les fonds pendant la période couverte par l’audit. »

105    Dans sa lettre du 30 avril 2013, la République portugaise a répondu à ces constatations, au point 9 intitulé « Application du document de travail de la Commission DS/200[9]/31 », en soulignant ce qui suit :

« En dépit de la difficulté […] d’établir une limite normale pour les chutes de marques auriculaires, les autorités portugaises fixeront, sur la base d’une étude statistique à réaliser à partir des enregistrements figurant dans la base de données [centrale], la limite, qui entrera en vigueur en 2014, à partir de laquelle les bovins n’étant munis que d’une seule marque auriculaire feront l’objet de sanctions, en l’absence de demande d’une marque de remplacement.

L’année 2013 sera l’année pendant laquelle cette étude sera réalisée et pendant laquelle les producteurs seront sensibilisés à la modification de la grille de notation en ce qui concerne les seuils de tolérance pris en compte jusqu’à présent. »

106    À cet égard, s’agissant de l’argument de la République portugaise selon lequel l’annexe I, point 9, de la première communication ne fait référence à aucun exercice, force est de constater que la situation est identique à celle mise en cause dans la deuxième branche du premier moyen (voir points 77 à 87 ci-dessus), en ce que la Commission indique qu’un risque a existé pour les Fonds pendant la période couverte par l’audit. Dès lors, il y a lieu de considérer que la République portugaise ne saurait soutenir que la formulation de ce point ne répond pas aux exigences de précisions visées par la jurisprudence citée aux points 59 à 67 ci-dessus. En effet, il ne fait aucun doute que, par l’expression « pendant la période couverte par l’audit », la Commission visait les trois exercices 2010, 2011 et 2012 (voir point 84 ci-dessus).

107    Quant à l’argument selon lequel l’annexe I, point 9, de la première communication ne contient la mention d’aucune violation de règles explicites de l’Union, il ne saurait être considéré que la Commission n’a mentionné aucune de ces règles dès lors qu’elle a fait expressément grief à la République portugaise de ne pas avoir respecté le document de travail DS/2009/31 et qu’elle lui a demandé de prendre des mesures correctives pour y remédier ainsi que cela ressort du point 105 ci-dessus.

108    Eu égard aux considérations qui précèdent, la République portugaise ne saurait valablement soutenir que, s’agissant des marques auriculaires manquantes - ERMG n^o 7 et ERMG n^o 8, la première communication ne satisfaisait pas aux exigences de l’article 11 du règlement n^o 885/2006.

109    Partant, la cinquième branche du premier moyen doit être rejetée comme étant non fondée.

–       Sur la sixième branche relative à l’omission du contrôle sur place du respect des conditions minimales applicables aux produits phytopharmaceutiques

110    La République portugaise souligne que la Commission lui reproche, au point 13.7.1.6 du rapport de synthèse, de ne pas avoir respecté l’article 39, paragraphe 3, du règlement (CE) n^o 1698/2005 du Conseil, du 20 septembre 2005, concernant le soutien au développement rural par le Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2005, L 277, p. 1), au motif que le respect de la condition selon laquelle « les personnes qui utilisent des produits phytosanitaires doivent avoir reçu une formation adéquate (du point de vue des qualifications ou de la fréquence, avec agrément, dans le cadre d’actions de formation) ou agir sous la direction d’un technicien responsable », prévue par la législation nationale et mentionnée dans le programme de développement rural (PDR), n’a pas fait l’objet de contrôles sur place en 2010, en 2011 et en 2012. Or, la République portugaise estime que l’annexe I, point 12, de la première communication ne contient aucune constatation quant à cette prétendue violation.

111    La Commission fait valoir que la sixième branche du premier moyen est dépourvue de tout fondement dès lors que l’annexe I, point 12, de la première communication fait expressément référence à cette violation.

112    À cet égard, il y a lieu de rappeler que, à l’annexe I, point 12, de la première communication, la Commission a notamment mentionné ce qui suit :

« L’article 51, paragraphe 1, du règlement n^o 1698/2005 prévoit la réduction ou la suppression des paiements du pilier II si les bénéficiaires d’aide au titre de l’article 36, sous a), iv), du règlement n^o 1698/2005 ne respectent pas, dans l’ensemble de l’exploitation, les exigences minimales relatives à l’utilisation d’engrais et de produits phytosanitaires, visées à l’article 39, paragraphe 3, de ce règlement. Au cours de la mission, les auditeurs n’ont pas pu déterminer de manière incontestable les exigences minimales relatives à l’utilisation d’engrais et de produits phytosanitaires définies et contrôlées au Portugal, ni leur application aux bénéficiaires situés en dehors des zones vulnérables aux nitrates. Il est demandé aux autorités portugaises de présenter une description claire de ces exigences définies au Portugal pour les exercices 2010, 2011 et 2012. Il est également demandé aux autorités portugaises de confirmer quel est l’organe de contrôle compétent et de décrire les contrôles effectués au sein et en dehors de l’échantillon de contrôle de la conditionnalité pendant les années [susvisées]. »

113    Dans sa lettre du 30 avril 2013, la République portugaise a répondu à ces constatations, au point 12 intitulé « Paiements du second pilier – Exigences minimales relatives à l’utilisation d’engrais et de produits phytosanitaires définies au Portugal, par rapport à 2010, 2011 et 2012 », en soulignant, s’agissant des exigences minimales relatives à l’utilisation de produits phytopharmaceutiques, ce qui suit :

« Les exigences minimales relatives aux produits phytosanitaires sont garanties par l’application du décret-loi n^o 173/2005 qui, dans son chapitre III, régit la sécurité en matière d’application de produits phytopharmaceutiques. Certaines dispositions ont par ailleurs été incorporées dans les BCAE. Ainsi, conformément à cette législation :

–      L’utilisateur doit avoir une formation adéquate (formation universitaire ou participation à des séances de formation avec certification) ou agir sous la direction d’un technicien responsable ».

114    Enfin, le rapport de synthèse mentionne notamment au point 13.7.1.6 ce qui suit :

« Les dispositions générales suivantes sont d’application : article 39, paragraphe 3, du règlement n^o 1698/2005.

L’exigence selon laquelle “les personnes qui utilisent des produits phytosanitaires doivent avoir reçu une formation adéquate (du point de vue des qualifications ou de la fréquence, avec agrément, dans le cadre d’actions de formation) ou agir sous la direction d’un technicien responsable” prévue par la législation nationale et mentionnée dans le programme de développement rural (PDR) n’a pas fait l’objet de contrôles sur place en 2010, 2011 et 2012. Bien qu’il ait été contrôlé au cours d’années précédentes, les autorités portugaises ont précisé que l’article 5, paragraphe 2, de la directive 2009/128/CE (relative à une utilisation des pesticides compatible avec le développement durable) prévoyait que les professionnels qui utilisent des produits phytopharmaceutiques devaient avoir reçu une formation adéquate avant le 26 novembre 2013. Toutefois, dans la mesure où le délai (31 décembre 2010) déjà fixé pour cette formation par la législation nationale (décret n^o 173/2005) était antérieur à celui fixé par la directive 2009/128/CE (26 novembre 2013), ces mêmes autorités ont indiqué qu’elles n’avaient pas cherché à vérifier la conformité, parce qu’elles considéraient que la date antérieure était défavorable aux agriculteurs. Ainsi, bien qu’une proposition de modification du décret national ait été envisagée, il a été décidé, en lieu et place, de suspendre les contrôles relatifs à cette obligation.

La DG [“Agriculture et développement rural”] prend acte de l’explication des autorités portugaises. Néanmoins, conformément aux dispositions de l’article 39, paragraphe 3, du règlement n^o 1698/2005, les exigences minimales dans le cadre du second pilier sont celles qui sont établies par la législation nationale et indiquées dans le programme de développement rural (PDR). Par conséquent, la DG [“Agriculture et développement rural”] soutient qu’il a existé un risque pour les Fonds au cours de la période couverte par l’audit, dans la mesure où les contrôles de vérification pertinents n’ont pas été réalisés. »

115    D’emblée, il convient de constater qu’il ne ressort effectivement pas expressément de l’annexe I, point 12, de la première communication que la Commission fait en particulier grief à la République portugaise d’avoir violé l’article 39, paragraphe 3, du règlement n^o 1698/2005, au motif que l’exigence minimale selon laquelle « les personnes qui utilisent des produits phytosanitaires doivent avoir reçu une formation adéquate (du point de vue des qualifications ou de la fréquence, avec agrément, dans le cadre d’actions de formation) ou agir sous la direction d’un technicien responsable » n’a fait l’objet d’aucun contrôle sur place en 2010, en 2011 et en 2012.

116    Il n’en demeure pas moins que le grief retenu dans le rapport de synthèse est nécessairement, à tout le moins implicitement, englobé dans le constat opéré par la Commission au point 12 de l’annexe I de la première communication. En effet, en indiquant que, au cours de la mission, les auditeurs n’ont pas pu déterminer de manière incontestable les exigences minimales relatives à l’utilisation d’engrais et de produits phytosanitaires définies et contrôlées au Portugal, ni leur application aux bénéficiaires situés en dehors des zones vulnérables aux nitrates, la Commission visaient toutes les exigences minimales sans exceptions, dont celle finalement retenue dans le rapport de synthèse.

117    Il convient de relever à cet égard que, en réponse à la première communication, la République portugaise a décrit les exigences minimales définies et appliquées au Portugal. La Commission a estimé que, parmi toutes ces exigences décrites, celle relative à la formation adéquate des personnes qui utilisent des produits phytosanitaires n’était pas satisfaisante.

118    Partant, la sixième branche du premier moyen doit être rejetée comme étant non fondée.

–       Sur la septième branche relative à l’application de réductions et d’exclusions

119    La République portugaise relève que la Commission fonde le manquement relatif à l’application de réductions et d’exclusions sur des statistiques de 2010 et de 2011 et fait valoir qu’aucune constatation n’a été présentée pour l’exercice 2012.

120    La Commission conteste le bien-fondé de cette branche.

121    Il y a lieu de rappeler que, à l’annexe I, point 14, de la première communication, la Commission a notamment mentionné ce qui suit :

« [L]’évaluation de la non-conformité déterminée est pondérée, puisque le total des points attribués par infraction – par acte, par domaine ou par norme BCAE – est divisé par le total de points disponibles. Cette “pondération” réduit en effet la probabilité d’application d’un taux de sanction plus élevé, en particulier lorsque l’acte ou le domaine comporte de nombreuses exigences. Ceci se reflète également dans les statistiques de contrôle des exercices 2010 et 2011, où les taux de sanction inférieurs à 3 % ont été appliqués plus fréquemment, comme le montre le tableau suivant. »

122    Or, eu égard au libellé de l’annexe I, point 14, de la première communication, la République portugaise ne saurait valablement soutenir que la Commission n’a fait valoir aucune constatation pour l’exercice 2012. En effet, il ressort de ce point que la Commission a estimé que le système d’évaluation en général était défaillant lors des exercices 2010 à 2012, d’abord, en se basant sur les vérifications effectuées en 2012, pour estimer, par ailleurs, que cela était également le cas en 2010 et en 2011 ainsi que le démontreraient les statistiques de contrôles relatives à ces deux exercices.

123    Partant, il y a lieu de rejeter la septième branche du premier moyen comme étant non fondée.

–       Sur la huitième branche relative aux contrôles de qualité

124    La République portugaise considère que, s’agissant du manquement relatif aux contrôles de qualité, l’annexe I, point 20, de la première communication ne pouvait pas remplir sa fonction d’avertissement concernant les exercices 2010 et 2012 dès lors qu’aucune constatation n’avait été faite pour ces deux exercices.

125    Selon la Commission, s’il est vrai que les anomalies relevées se rapportent uniquement à l’exercice 2011, il n’en reste pas moins qu’il ne s’agit que de celles qui ont été constatées au cours de l’audit et qu’il incombait à la République portugaise de démontrer qu’elles résultaient d’une situation contenue et ponctuelle. Par ailleurs, elle observe que, eu égard à la rédaction de la première page de la première communication, la République portugaise ne pouvait avoir aucun doute quant à la période couverte par les vérifications.

126    S’agissant de ce manquement la Commission a indiqué, à l’annexe I, point 20, de la première communication, ce qui suit :

« Les informations obtenues par l’inspecteur au cours du contrôle sur place sont enregistrées par l’autorité de contrôle compétente dans le système informatique (iDigital), qui est ensuite téléchargé et mis à la disposition de l’organisme payeur au travers de l’application informatique centrale (iSinga). Par conséquent, un élément de contrôle enregistré et téléchargé en tant que non conforme est automatiquement évalué par le système informatique et le taux de sanction correspondant est appliqué. Cependant, l’examen des dossiers effectué pendant la mission soulève des doutes sur la fiabilité du système informatique et sur l’application dans tous les cas des sanctions pour non-conformité des normes de conditionnalité, conformément aux dispositions de l’article 71 du règlement n^o 1122/2009. L’examen des dossiers a permis de détecter les anomalies suivantes :

[…]

Les autorités portugaises ont expliqué que cette lacune découlait d’une modification introduite dans le système informatique pour l’application des sanctions et que ses effets se limitaient à l’exercice 2011. Il est demandé aux autorités portugaises de confirmer le nombre de ces cas et de fournir des informations détaillées sur les mesures de suivi adoptées dans chaque cas, en ce qui concerne les recouvrements auprès des bénéficiaires. »

127    Dans sa lettre du 30 avril 2013, la République portugaise a répondu à ces constatations, au point 20 intitulé « Fiabilité du système informatique », en soulignant ce qui suit :

« Modification du système informatique – Six bénéficiaires ayant connu une modification de taux ont été détectés, pour lesquels le montant final de la pénalité calculée était de 4 766,16 euros, comme [cela est] indiqué dans le tableau en annexe (annexe IV). Ces situations ne se sont présentées qu’en 2011. »

128    Au point 20 du procès-verbal de la réunion bilatérale, il est notamment indiqué que « [l]es autorités portugaises ont confirmé que le taux de sanction applicable en 2011 aux six dossiers en cause s’élev[ait] à un total de 4 766,16 EUR [et qu’elles] [étaient] invitées à confirmer l’exécution de la réduction correcte du paiement (d’un montant total de 4 766,16 EUR) dans les six cas en question ».

129    Ainsi que le fait valoir à juste titre la République portugaise et sans que la Commission le conteste, force est de constater que tant les constatations effectuées par la Commission que la demande d’informations complémentaires se concentrent sur l’exercice 2011. Rien ne laisse entendre, dans la façon dont sont formulées ces constatations, que la Commission a détecté des anomalies qui concernaient nécessairement les trois exercices 2010, 2011 et 2012. Contrairement aux manquements formulés à l’annexe I, points 4 et 9, de la première communication, la Commission n’a pas indiqué que lesdits manquements avaient été constatés pour la période couverte par l’audit, ce qui aurait sous-entendu clairement que les constatations valaient pour les trois exercices susmentionnés. Par ailleurs, il y a lieu de relever que, dès le début de la procédure administrative, la République portugaise a fait valoir que l’irrégularité constatée par la Commission dans les dossiers de 2011 était due à une modification introduite dans le système informatique pour l’application des sanctions, mais qu’elle était limitée à l’exercice 2011, et que cette dernière s’est ensuite contentée de demander uniquement des informations concernant cet exercice.

130    Dans ces conditions, il y a lieu de considérer que les constatations portant sur les contrôles de qualité ne sont régulièrement formulées que s’agissant de l’exercice 2011. En l’absence de constatations et de mesures correctives relatives aux exercices 2010 et 2012 formulées à l’issue d’une procédure régulière, la Commission ne pouvait pas conclure à l’existence d’un risque pour les Fonds pour ces exercices, et ce, malgré le fait qu’il était indiqué, à la première page de la première communication, que l’enquête couvrait les exercices 2010 et suivants. En effet, à elle seule, cette indication ne saurait suffire pour considérer que la République portugaise aurait dû comprendre que les exercices 2010 et 2012 étaient visés alors que seul l’exercice 2011 avait été mentionné et avait fait l’objet d’échanges lors de la procédure d’apurement.

131    C’est donc à juste titre que la République portugaise soutient, dans le cadre de la huitième branche du premier moyen, que, s’agissant des contrôles de qualité, la première communication ne satisfait pas aux exigences de l’article 11 du règlement n^o 885/2006 pour les exercices 2010 et 2012.

 Sur les conséquences à tirer de l’examen du bien-fondé des cinquième, sixième et premier moyens

132    Ainsi que cela ressort des points 76 et 131 ci-dessus, il a été constaté que la Commission avait commis des erreurs dans l’adoption de la décision attaquée. Toutefois, il convient de déterminer si, dans les circonstances particulières de l’espèce, de telles erreurs sont susceptibles d’entraîner l’annulation de la décision attaquée.

133    À cet égard, s’il est vrai que l’existence d’une irrégularité se rapportant au principe des droits de la défense ne saurait conduire à une annulation que dans la mesure où la procédure en cause aurait pu aboutir à un résultat différent si la partie avait pu mieux assurer sa défense en l’absence de cette irrégularité (voir, en ce sens, arrêt du 12 juillet 2017, Estonie/Commission, T‑157/15, non publié, EU:T:2017:483, point 151), il n’est pas nécessaire en l’espèce d’examiner si une telle condition est remplie. En effet, il ressort de la jurisprudence que, même si l’un des motifs sur lesquels un acte litigieux est fondé est entaché d’erreur, ce vice peut cependant ne pas conduire à l’annulation de cet acte si les autres motifs de la décision attaquée sont suffisants à en établir le bien-fondé (voir arrêt du 29 mars 2017, Pays-Bas/Commission, T‑501/15, non publié, EU:T:2017:230, point 70 et jurisprudence citée).

134    À cet égard, ainsi que la Commission l’a souligné dans le rapport de synthèse et lors de l’audience en réponse à une question du Tribunal, celle-ci était en droit d’appliquer un coefficient de correction financière de 5 % au titre de chacune des carences identifiées dans le système des contrôles mis en place par la République portugaise. Au point 13.7.3 du rapport de synthèse, la Commission a résumé l’ensemble des carences constatées pour les exercices 2010, 2011 et 2012 en indiquant les corrections forfaitaires proposées, en application des orientations prévues dans le document 2005-64043.

135    Ces carences portent respectivement sur la norme BCAE-Terrasses de retenue (première branche du premier moyen) ; la norme BCAE « Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau », les ERMG n^os 2, 6, 11 et 12 (deuxième branche du premier moyen) ; les limitations dans le cadre des contrôles sur place du « RLG 9 » ; le calendrier des contrôles sur place (troisième branche du premier moyen et troisième moyen) ; la non-application, au paiement correct, de sanctions pour contrôles tardifs, effectués après l’année « n » ; les lacunes dans l’application de l’identification électronique - ERMG n^o 8 (quatrième branche du premier moyen) ; les marques auriculaires manquantes - ERMG n^o 7 et ERMG n^o 8 (cinquième branche du premier moyen et quatrième moyen) ; l’omission du contrôle sur place du respect des conditions minimales applicables aux produits phytopharmaceutiques (sixième branche du premier moyen) ; l’application de réductions et d’exclusions (septième branche du premier moyen et deuxième moyen) et, enfin, les contrôles de qualité (huitième branche du premier moyen).

136    Lors de l’audience, en réponse à une question du Tribunal, les parties ont affirmé que le bien-fondé de toutes ces carences avait été contesté dans le cadre des huit branches du premier moyen ainsi que des deuxième, troisième et quatrième moyens.

137    Or, d’une part, malgré ce que les parties ont pu affirmer lors de l’audience, force est de constater que les carences relatives à la norme BCAE « Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau », aux limitations dans le cadre des contrôles sur place du « RLG 9 » ainsi qu’à la non-application, au paiement correct, de sanctions pour contrôles tardifs, effectués après l’année « n » n’ont pas fait l’objet d’une contestation dans le cadre du présent recours. D’autre part, s’il ressort de l’examen du premier moyen que la République portugaise a pu démontrer que la Commission avait commis des erreurs dans l’adoption de la décision attaquée s’agissant de la norme BCAE-Terrasses de retenue (point 76 ci-dessus) ainsi que des contrôles de qualité (point 131 ci-dessus), force est de constater que tel n’est pas le cas s’agissant des autres carences reprochées par la Commission dans le rapport de synthèse.

138    Ainsi, nonobstant les erreurs qui affectent deux motifs retenus par la Commission pour fonder la correction, il convient d’observer que le dispositif de la décision attaquée repose sur six motifs, dont le bien-fondé n’a pu être valablement remis en cause dans le cadre des premier, cinquième et sixième moyens et qui ne font pas l’objet des deuxième, troisième et quatrième moyens. Ces six motifs sont ceux relatifs à la norme BCAE « Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau » ; aux ERMG n^os 2, 6, 11 et 12 ; aux limitations dans le cadre des contrôles sur place du « RLG 9 » ; à la non-application, au paiement correct, de sanctions pour contrôles tardifs, effectués après l’année « n » ; aux lacunes dans l’application de l’identification électronique – ERMG n^o 8 et à l’omission du contrôle sur place du respect des conditions minimales applicables aux produits phytopharmaceutiques.

139    Dès lors que chacun de ces six motifs suffit à lui seul à fonder le raisonnement de la Commission et à justifier qu’une correction forfaitaire de 5 % soit appliquée, il y a lieu d’écarter les première et huitième branches du premier moyen comme étant inopérantes, dans la mesure où celles-ci ne sont pas aptes, bien qu’elles soient fondées, à entraîner l’annulation de la décision attaquée. Sont également inopérants les deuxième, troisième et quatrième moyens, portant respectivement sur des erreurs prétendument commises par la Commission en ce qui concerne les carences relatives à l’application de réductions et d’exclusions, au calendrier des contrôles sur place ainsi qu’aux marques auriculaires manquantes - ERMG n^o 7 et ERMG n^o 8. En effet, même à les supposer fondés, lesdits moyens ne sauraient entraîner l’annulation partielle de la décision attaquée à défaut, pour la République portugaise, d’avoir démontré que l’ensemble des motifs sur le fondement desquels était établie la correction forfaitaire de 5 % étaient entachés d’illégalité.

140    Compte tenu de tout ce qui précède, il convient de rejeter le recours dans son intégralité.

 Sur les dépens

141    Aux termes de l’article 134, paragraphe 1, du règlement de procédure, toute partie qui succombe est condamnée aux dépens, s’il est conclu en ce sens.

142    En vertu de l’article 135, paragraphe 1, du règlement de procédure, lorsque l’équité l’exige, le Tribunal peut décider qu’une partie qui succombe supporte, outre ses propres dépens, uniquement une fraction des dépens de l’autre partie.

143    Au vu des circonstances de l’espèce, le Tribunal estime qu’il y a lieu de condamner la République portugaise à supporter, outre ses propres dépens, les trois quarts de ceux exposés par la Commission.

Par ces motifs,

LE TRIBUNAL (quatrième chambre)

déclare et arrête :

1)      Le recours est rejeté.

2)      La République portugaise supportera, outre ses propres dépens, trois quarts des dépens exposés par la Commission européenne.

3)      La Commission supportera un quart de ses dépens.

Ainsi prononcé en audience publique à Luxembourg, le 26 septembre 2018.

Signatures

Table des matières

Antécédents du litige

Procédure et conclusions des parties

En droit

Sur l’examen du bien-fondé des moyens

Sur le cinquième moyen, tiré de la violation du principe ne bis in idem

Sur le sixième moyen, tiré de de la violation du principe de proportionnalité et de l’article 31 du règlement n o 1290/2005

Sur le premier moyen tiré d’un défaut de motivation et de la violation de l’article 11 du règlement n o 885/2006

– Sur la première branche relative à la norme BCAE-Terrasses de retenue

– Sur la deuxième branche relative aux ERMG nos 2, 6, 11 et 12, visées à l’annexe II du règlement no 73/2009

– Sur la troisième branche relative au calendrier des contrôles sur place

– Sur la quatrième branche relative aux lacunes dans l’application de l’identification électronique – ERMG no 8 et dans la procédure de communication des mouvements des animaux – ERMG no 7

– Sur la cinquième branche relative aux marques auriculaires manquantes - ERMG no 7 et ERMG no 8

– Sur la sixième branche relative à l’omission du contrôle sur place du respect des conditions minimales applicables aux produits phytopharmaceutiques

– Sur la septième branche relative à l’application de réductions et d’exclusions

– Sur la huitième branche relative aux contrôles de qualité

Sur les conséquences à tirer de l’examen du bien-fondé des cinquième, sixième et premier moyens

Sur les dépens

*      Langue de procédure : le portugais.

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